Resources

当研究室はオープンサイエンス推進のため、実験プロトコルやデータ、リソースの共有に積極的に取り組んでいます。新たに開発した実験プロトコルはbio-protocol誌やSeeDB Resourcesに公開しています。顕微鏡画像データはSSBDにデポジットしており、二次使用が可能です。Neurolucidaによって取得した神経形態データは全てNeuroMorph.orgにデポジットしています。新たに作製したプラスミドは全てAddgeneにデポジットしています。新たに書いた解析コードはGitHubで公開しています。

 

SeeDB Resources

  • SeeDB Resources SeeDB, SeeDB2などの透明化法の情報サイト。プロトコルやTIPs、動画など。細かい情報をアップデートしています。動画はSeeDB Resourcesからダウンロード可能です(非商用目的の場合は、クレジット表記を条件に自由に使用可)。ポップアウトし、ダウンロードボタンでダウンロードできます。

SeeDB YouTube: [YouTube(1)] [YouTube(2)] [YouTube(3)]

SeeDB2 YouTube:  [YouTube(1)] [YouTube(2)][YouTube(3)]

SeeDB、SeeDB2は和光純薬からも市販されています。

 

NeuroMorph.org (神経細胞形態データ)

透明化脳を使って取得した神経細胞の形態データ(Neurolucidaによる再構築データ)は、論文発表後、NeuroMorph.Orgにデポジットしています。Browse > By Archive > Imaiで閲覧できます(こちら)。(Ke et al., 2013; Ke et al., 2016; Murai et al., 2016; Sakaguchi et al., 2018; Aihara et al., 2020)

 

SSBD (顕微鏡画像生データ)

当研究室から発表した論文の画像データ(生データ)はSystems Science of Biological Dynamics (SSBD) データベースにデポジットしています。自由に閲覧、ダウンロード、再使用可能です。

Ke et al., Nature Neuroscience (2013)

Ke et al.,  Cell Reports (2016)

Iwata et al., Neuron (2017)

Sakaguchi et al., eLife (2018)

Inagaki et al., Cell Reports (2020)

Aihara et al., Cell Reports (2021)

Addgene (プラスミド)

当研究室から発表した論文に含まれる新しいプラスミドはAddgeneにデポジットしています。

Takeshi Imai Lab Plasmids

GEO (遺伝子発現データ)

Aihara et al., Cell Reports (2021)

GitHub (解析コード)

当研究室から発表した論文に含まれるコードはこちら:

GitHub repositories – Takeshi Imai Lab

Tetbow codes from Sakaguchi et al., eLife (2018)

 

Protocols

SeeDB, SeeDB2, Tetbow, …

日本語の解説とプロトコル(簡易版)はこちら

Single-cell microarray (Imai et al., 2009)

 

Single-cell cDNA library (Imai et al., 2006)

Single cell cDNA library (簡易法)

 

Two-color in situ hybridization (Imai et al., 2006; Imai et al., 2009)

 

その他

 

特許

  • 出願番号: 2012-141488 PCT/JP2013/067085 (特許番号 5967528) 発明の名称:生物材料を透明化する方法および生物材料用透明化処理キット Google Patents
  • 出願番号: 2015-55325 PCT/JP2016/055229 発明の名称:生物材料の観察方法および透明化方法 Google Patents
  • 出願番号: 2021-122029

Mice

※不明な点についてはお気軽にメールにてお問い合わせください。
共同研究も歓迎いたします。